• News

    2024/06/12：ウイルス学若手ネットワークのセミナーで講演しました。

    Bioinformatics analysis to assess the risk of zoonotic virus

    登録はこちらから：https://t.co/RU0G3FYsku

    2024/05/20：生命情報科学若手の会が主催するセミナーで発表しました。

    2024/05/04：bioRxivで筆頭著者論文を公開しました。

    2024/04/01：千葉大学大学院医学研究院の特任助教に着任しました。

    今年度は国立感染症研究所にて研究を続けますので、引き続きどうぞよろしくお願いいたします。

    2024/03/26：早稲田大学 理工学術院総合研究所 第13期アーリーバードプログラムの若手研究者奨励賞を受賞しました。

    2024/03/08：早稲田大学 理工学術院総合研究所 第13期アーリーバードプログラムの成果報告会 プレゼンコンテストにて最優秀賞を受賞しました。

    2024/03/08：早稲田大学 理工学術院総合研究所 第13期アーリーバードプログラムの成果報告会で発表しました。

    「誰でも使えるデータの解析で動物由来ウイルスを監視する」

    2024/03/06：Jounal of Virologyに共著論文が掲載されました。

    2024/01/20：Journal of Virologyに筆頭著者論文が掲載されました。

  • プロフィール

    研究概要

    バイオインフォマティクスを駆使し、ウイルス感染に関わるミクロからマクロまでの現象を明らかにしたいと考えています。その中でも特に、(1)「ネクストパンデミック」からヒトと動物の健康を守る、(2) ウイルスと宿主の共存・攻防の理解に取り組んでいます（詳細：Research interests）。

     

    経歴

    2013年10月から山口大学農学部獣医学科（現・共同獣医学部） 西垣一男教授研究室においてレトロウイルス研究に取り組む。

    2017年4月からの約2年間は、基礎研究から離れ、獣医師として公衆衛生業務（食品衛生監視・食肉検査）に携わる。

    2019年4月に日本学術振興会 特別研究員（DC1）として京都大学大学院 生命科学研究科 博士後期課程に編入学。

    朝長啓造教授、堀江真行教授（現・大阪公立大）の指導のもとRNAウイルス研究に取り組み、2022年3月に博士（生命科学）を取得。

    2022年4月から2024年3月まで日本学術振興会 特別研究員（PD）として早稲田大学理工学術院（浜田道昭教授研究室）に所属し、ウイルス学・感染症学に資するバイオインフォマティクス技術の開発に取り組む。

    2023年10月からはJSTさきがけ研究員を兼任（領域：パンデミック社会基盤）。

    2024年4月から千葉大学大学院医学研究院の特任助教として鈴木忠樹教授研究室に所属、現在に至る。

     

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  • 研究テーマ

    2022年−現在

    ネクストパンデミックの被害を抑えるための解析技術開発

    • ウイルス遺伝子配列に基づく性質予測
    • 公共データベースの利活用によるウイルス感染調査
    ゲノム寄生体による生物ゲノム進化
    • ゲノム寄生体間の軍拡競争がもたらした新たな機能遺伝子の探索

    2019年−2022年

    RNAウイルスの進化と多様性についての研究

    • 生物のゲノムにおける「ウイルスの分子化石」の探索によるウイルス感染の歴史の追跡
    • 公共データベースのNGSデータ利活用によるRNAウイルス感染の網羅的調査

    2014年−2019年

    現代と古代のレトロウイルスについての研究

    • 現代と古代のレトロウイルス間の組換え現象による新たなウイルス配列の出現
    • 猫白血病ウイルスの感染受容体の同定

    経歴

    2024年4月−現在

    千葉大学大学院医学研究院 特任助教
    国立感染症研究所 協力研究員
    早稲田大学 招聘研究員
     

    2023年10月−現在 

    JSTさきがけ研究者（兼任）
    パンデミックに対してレジリエントな社会・技術基盤の構築

     

    2022年4月−2024年3月

    早稲田大学理工学術院　
    日本学術振興会　特別研究員（PD）
    浜田道昭研究室：バイオインフォマティクス研究室

     

    2019年4月−2022年3月

    京都大学大学院生命科学研究科　博士後期課程
    日本学術振興会　特別研究員（DC1）
    朝長啓造研究室：Laboratory of RNA Viruses
    2022年3月に博士号（生命科学）を取得

     

    2017年4月−2019年1月 

    山口県職員（獣医師）

     

    2013年10月−2017年3月

    山口大学農学部獣医学科（現・共同獣医学部）
    西垣一男研究室：Laboratory of Molecular Immunology and Infectious Disease

    受賞歴（全て個人として受賞）

    2024年：早稲田大学 理工学術院総合研究所 第13期アーリーバード 若手研究者奨励賞 

    2024年：早稲田大学 理工学術院総合研究所 第13期アーリーバード プレゼンコンテスト 最優秀賞
    2023年：ポスター賞（異分野プレゼン部門）（2023年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー）
    2023年：早稲田大学 理工学術院総合研究所 第12期アーリーバード 若手研究者奨励賞
    2022年：優秀ポスター賞（2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会）
    2022年：第14回京都大学優秀女性研究者奨励賞（学生部門）
    2021年：Best Activator AwardおよびBest Helper Award（生命情報若手の会 第13回研究会）
    2020年：第11回微生物学分科会若手奨励賞（第163回日本獣医学会学術集会）
    2019年：ポスター賞（第3回木村資生記念 進化学セミナー）
    2017年：山口大学農学部獣医学科（現・共同獣医学部）首席表彰
    2016年 前期：山口大学特別待遇学生（授業料半額免除）
    2015年 前期：山口大学特別待遇学生（授業料半額免除）
    2013年 後期：山口大学特別待遇学生（授業料半額免除）
    2013年 前期：山口大学特別待遇学生（授業料半額免除）

    研究プロジェクト

    研究代表者

    2023年10月–2027年3月　JSTさきがけ「パンデミックに対してレジリエントな社会・技術基盤の構築」

    「動物由来ウイルス感染症の発生リスクを評価する技術基盤の構築」

     

    2022年4月–2025年3月　特別研究員奨励費（PD, 22J00010）

    「ゲノム寄生体が駆動する生物進化：転移因子間の軍拡競争によるゲノム機能変化の解明」

     

    2023年6月-2024年3月　早稲田大学 理工学術院総合研究所　第13期 アーリーバードプログラム

    「ネクストパンデミック対策に向けたヒト感染性ウイルス監視システムの構築」

     

    2022年6月-2023年3月　早稲田大学 理工学術院総合研究所　第12期 アーリーバードプログラム

    「深層学習によるウイルス配列解析：未知ウイルスの探索とパンデミックポテンシャルの評価」

     

    2019年4月–2022年3月　特別研究員奨励費（DC1, 19J22241）

    「内在性ウイルス様配列（ＥＶＥ）に由来する機能性配列についての体系的解析」

     

    研究分担者

    2022年10月-2024年3月　長崎大学高度感染症研究センター 新興感染症制御研究拠点 共同研究課題

    「エボラウイルス複製機構におけるRule of Six存在意義の解明」

     

    2019年4月–2021年3月　東京大学医科学研究所国際共同利用・共同研究拠点事業

    「新興ウイルス感染症対策へ向けたウイルスメタゲノムと内在性ウイルス様配列の解析」

    所属学会

    日本獣医学会

    日本ウイルス学会

    日本分子生物学会

    日本バイオインフォマティクス学会

    （2024年度〜2025年度：日本バイオインフォマティクス学会理事）

    勉強会の運営・参加

    運営

    EVE study club
    キーワード：内在性ウイルス様配列、ウイルス、トランスポゾン
    ご興味を持たれた方はお気軽にメールにてご連絡ください。
    アドバイザー：小林美栄 先生（慶應義塾大学）、堀江真行 先生（大阪公立大学）、Dr. PARRISH Nicholas（理化学研究所）

     

    参加

    ウイルス若手統計勉強会
    キーワード：ウイルス、統計、バイオインフォマティクス、交流会
    主催：伊東潤平 先生（東京大学 医科学研究所）

    その他

    資格

    獣医師免許（第 56925 号)

     

    Links

    ORCID
    Google Scholar
    researchmap
    research-er.jp

  • 研究概要 

    バイオインフォマティクスを駆使し、ウイルス感染に関わるミクロからマクロまでの現象を明らかにしたいと考えています。その中でも特に、(1)「ネクストパンデミック」からヒトと動物の健康を守る、(2) ウイルスと宿主の共存・攻防の理解に取り組んでいます。

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    「ネクストパンデミック」からヒトと動物の健康を守る 

    ウイルス感染症からヒトや動物の健康を守るために、「ネクストパンデミック」のリスク低減に向けた研究を進めています。特に、メタゲノム解析技術を活用し、未知ウイルスの探索といった遺伝的多様性の解明だけでなく、ウイルスの蔓延状況や伝播経路、媒介動物についての疫学調査を実施してきました。さらには、ウイルスの遺伝子配列情報のみから形質（例：ヒトへの感染性）を予測するツールの開発によって、感染症発生リスク評価の実現を目指しています。

     

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    ウイルスと宿主の共存・攻防の理解

    「寄生体」は文字通り、宿主生物に依存して自身の増殖を達成します。特にウイルスは宿主細胞の存在なしには増殖することはできません。ではウイルスはどのように宿主生物を利用し、また宿主生物はどのような戦略でウイルスに対抗してきたのでしょうか？このような共存・攻防は、ウイルスと宿主生物が互いのことをよく理解しているために成立していると考えられます。したがって、ウイルスと宿主生物のミクロな相互作用を紐解くことで、ウイルス制御を可能にするだけでなく、宿主細胞機構をより深く理解することが可能になると期待されます。

     

  • 論文

    • 研究論文（国際誌）：計17報（5報は筆頭著者、うち1報は責任著者）
    • 総説論文（国際誌）：計3報（2報は筆頭著者、うち1報は責任著者）
    • 総説論文（国内誌）：計1報（筆頭・責任著者）
    • プレプリント
    • 商業誌における解説・総説：計5報（全て筆頭・責任著者）
    • 学位論文（博士：生命科学）

    研究論文（国際誌）：筆頭著者、全て査読あり：計5報

    1. Minh Ha Ngo*, Loai AbuEed*, Junna Kawasaki*, Naoki Oishi, Didik Pramono, Tohru Kimura, Masashi Sakurai, Kenji Watanabe, Yoichi Mizukami, Haruyo Ochi, Yukari Anai, Yuka Odahara, Daigo Umehara, Maki Kawamura, Shinya Watanabe, Ariko Miyake*, Kazuo Nishigaki (*: equally contributed). Multiple recombination events between endogenous retroviral elements and feline leukemia virus.  Journal of Virology, Volume, Issue, e0140023, 2024. DOI: 10.1128/jvi.01400-23

    • 猫白血病ウイルス（FeLV）は白血病やリンパ腫のような造血器腫瘍を引き起こすウイルスであり、これまでの調査によって日本の家猫の12%ほどが感染していることが報告されています。また、FeLVの多様化が病態の悪化に関わることが知られているため、本研究では腫瘍と診断された家猫においてFeLVの多様性を調査した。その結果、FeLVの著しい多様化が、過去に感染したウイルスの痕跡である内在性レトロウイルスとの組換え現象によって生じていることを明らかにしました。

    2. Junna Kawasaki*, Shohei Kojima, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie* (*: corresponding authors). Hidden viral sequences in public sequencing data and warning for future emerging diseases. mBio, Volume 12, Issue 4, e01638-21, 2021, DOI: 10.1128/mBio.01638-2

    • ウイルス感染症は公衆衛生上の脅威となるだけでなく、社会・経済活動に大きな打撃を与えてきました。多様な検体を用いたウイルス調査は感染症対策の重要な一環と考えられてきましたが、大規模な調査には多大な労力と費用を要します。そこで本研究では、公共データベースに登録されていた46,000を超えるRNA-seqデータを再利用し、哺乳類および鳥類におけるRNAウイルスの感染状況を調査しました。その過程で、家畜や野生動物・実験動物においてヒトに病気を引き起こす可能性のあるRNAウイルスを新たに発見しました。本成果は、公的データの再利用により既知および未知ウイルスの感染調査が可能であることを示しました。（詳細な内容は、京都大学 ウイルス・再生医科学研究所 （現・医生物学研究所） 研究成果でご紹介いただきました。）

    3. Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yahiro Mukai, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie. 100-My history of bornavirus infections hidden in vertebrate genomes. Proceedings of the National Academy of Sciences, Volume 118, Issue 20, e2026235118, 2021, DOI: 10.1073/pnas.2026235118

    • 長い進化の過程において、私たちの祖先はくり返しウイルス感染症に脅かされてきたと予想できます。しかし、先史時代に発生したウイルス感染については謎に包まれたままとなっています。この理由には、ウイルスは物理的化石を残すことがないため、過去のウイルスを知るための手がかりを得ることが困難であることがあげられます。私たちのゲノムには過去に感染したウイルスに由来する遺伝子配列（内在性ウイルス様エレメント：EVEs）が存在します。本研究では、生物のゲノムに存在するEVEsを「ウイルスの分子化石」として解析することで、約1億年間にわたるウイルス感染の歴史を再構築しました。（詳細な内容は、京都大学 ウイルス・再生医科学研究所 （現・医生物学研究所）研究成果としてご紹介いただきました。）

     

    • 本研究の成果については、以下の学術誌やメディアでもご紹介いただきました。
      1. Hofer U. Bornaviruses from the Cretaceous. Nature Reviews Microbiology, Volume 19, Issue 8, 481, 2021. DOI: 10.1038/s41579-021-00590-z
      2. Gifford RJ. Mapping the evolution of bornaviruses across geological timescales. Proceedings of the National Academy of Sciences, Volume 118, Issue 26, e2108123118, 2021. DOI:10.1073/pnas.2108123118
      3. ウイルス学の世界的権威らが運営するポッドキャスト「This Week in Virology」での解説：TWiV 771: Borna hundred million years ago. Hosts: Dr. Vincent Racaniello, Dr. Alan Dove, and Dr. Amy Rosenfeld
      4. 河岡義裕（編）『ネオウイルス学』集英社（集英社新書）、2021年、ISBN: 9784087211597
      5. 堀江真行「一億年にわたるボルナウイルス感染の歴史（One hundred million years history of bornavirus infection）」、学会誌ウイルス、72巻、1号、p47-54、2022年.

     

    4. Ariko Miyake*, Junna Kawasaki*, Ha Ngo, Isaac Makundi, Yutaro Muto, Arshad H Khan, Desmond J Smith, Kazuo Nishigaki (*: equally contributed). Reduced folate carrier: an entry receptor for a novel feline leukemia virus variant. Journal of Virology, Volume 93, Issue 13, e00269-19, 2019. DOI: 10.1128/JVI.00269-19 

    • ネコ白血病ウイルス（FeLV）は、宿主細胞への侵入に関わるエンベロープ遺伝子を多様化させることで感染組織、ひいては病態を変化させることが知られています。今回は、FeLVの大規模な疫学調査において同定された新たな変異体（FeLV-E）が感染に使用する受容体の同定に成功しました。本成果は、FeLVの多様化と、その結果もたらされる感染や病態の変化のさらなる理解につながると期待できます。

    5. Junna Kawasaki, Maki Kawamura, Yoshiharu Ohsato, Jumpei Ito and Kazuo Nishigaki. Presence of a Shared 5'-Leader Sequence in Ancestral Human and Mammalian Retroviruses and Its Transduction into Feline Leukemia Virus. Journal of Virology, Volume 91, Issue 20, e00829-17, 2017. DOI: 10.1128/JVI.00829-17

    • レトロウイルスは、組換え現象を介してがん遺伝子等をハイジャックし、病態を増悪させることがあります。本研究では、ネコ白血病ウイルス（FeLV）の大規模な疫学調査により、ネコゲノムに存在する古代のレトロウイルスの痕跡（内在性レトロウイルス）との組換えFeLVを新たに同定しました。興味深いことに、FeLVがハイジャックしていた遺伝子配列は、さまざまな内在性レトロウイルスにおいて高度に保存されていることが明らかとなりました。本成果は、組換え現象によるFeLVの多様化を明らかにしただけでなく、古代と現代のレトロウイルスが共通の配列・分子メカニズムを活用している可能性を示しました。

    研究論文（国際誌）：共著者、全て査読あり：計12報

    1. Didik Pramono, Dai Takeuchi, Masato Katsuki, Loai AbuEed, Dimas Abdillah, Tohru Kimura, Junna Kawasaki, Ariko Miyake, Kazuo Nishigaki. FeLIX is a restriction factor for mammalian retrovirus infection. Journal of Virology, 0:e01771-23. 2024. DOI: 10.1128/jvi.01771-23, （和文解説）
    2. AbuEed, Loai, Isaac Makundi, Ariko Miyake, Junna Kawasaki, Chisa Minoura, Yushi Koshida, Kazuo Nishigaki. Feline Foamy Virus Transmission in Tsushima Leopard Cats (Prionailurus bengalensis euptilurus) on Tsushima Island, Japan. Viruses, Volume 15, Issue 4, 835. 2023. DOI: 10.3390/v15040835, （和文解説）
    3. Nicolas Tarbouriech, Florian Chenavier, Junna Kawasaki, Kamel Bachiri, Jean-Marie Bourhis, Pierre Legrand, Lily Freslon, Estelle MN Laurent, Elsa Suberbielle, Rob WH Ruigrok, Keizo Tomonaga, Daniel Gonzalez-Dunia, Masayuki Horie, Etienne Coyaud, Thibaut Crépin. Borna Disease Virus 1 Phosphoprotein forms a Tetramer and Interacts with Host Factors Involved in DNA Double-Strand Break Repair and mRNA Processing. Viruses, Volume 14, Issue 11, 2358, 2022, DOI: 10.3390/v14112358
    4. Squalomix consortium. Squalomix: shark and ray genome analysis consortium and its data sharing platform. F1000Research 2022, Volume 11, 1077, 2022. DOI: 10.12688/f1000research.123591.1
    5. Ariko Miyake*, Minh Ha Ngo*, Shelly Wulandari, Masayuki Shimojima, So Nakagawa, Junna Kawasaki, Kazuo Nishigaki (*: equally contributed). Convergent evolution of antiviral machinery derived from endogenous retrovirus truncated envelope genes in multiple species. Proceedings of the National Academy of Sciences, Volume 119, Issue 26, e2114441119, 2022, DOI:10.1073/pnas.211444111, （和文解説）　
    6. Yahiro Mukai, Masayuki Horie, Shohei Kojima, Junna Kawasaki, Ken Maeda, Keizo Tomonaga. An endogenous bornavirus‐like nucleoprotein in miniopterid bats retains the RNA‐binding properties of the original viral protein. FEBS Letters, Volume 596, Issue 3, 323-337, 2022, DOI: 10.1002/1873-3468.14290
    7. Masashi Iwamoto, Yukino Shibata, Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yung-Tsung Li, Shingo Iwami, Masamichi Muramatsu, Hui-Lin Wu, Kazuhiro Wada, Keizo Tomonaga, Koichi Watashi, Masayuki Horie. Identification of novel avian and mammalian deltaviruses provides new insights into deltavirus evolution. Virus Evolution, Volume 7, Issue 1, veab003, 2021, DOI: 10.1093/ve/veab003, （和文解説）
    8. Minh Ha Ngo, Takehisa Soma, Hwa-Young Youn, Taiji Endo, Isaac Makundi, Junna Kawasaki, Ariko Miyake, Bui Thi To Nga, Huyen Nguyen, MaríaCruz Arnal, Daniel Fernández de Luco, RMC Deshapriya, Shingo Hatoya, Kazuo Nishigaki. Distribution of infectious endogenous retroviruses in mixed-breed and purebred cats. Archives of Virology, Volume 165, pp157-167, 2020. DOI: 10.1007/s00705-019-04454-z
    9. Minh Ha Ngo, MaríaCruz Arnal, Ryosuke Sumi, Junna Kawasaki, Ariko Miyake, Chris K Grant, Takeshige Otoi, Daniel Fernández de Luco, Kazuo Nishigaki. Tracking the fate of endogenous retrovirus segregation in wild and domestic cats. Journal of Virology, Volume 93, Issue 24, e01324-19, 2019. DOI: 10.1128/JVI.01324-19
    10. Kyohei Kuse, Jumpei Ito, Ariko Miyake, Junna Kawasaki, Shinya Watanabe, Isaac Makundi, Minh Ha Ngo, Takeshige Otoi, and Kazuo Nishigaki. Existence of Two Distinct Infectious Endogenous Retroviruses in Domestic Cats and Their Different Strategies for Adaptation to Transcriptional Regulation. Journal of Virology, Volume 90, Issue 20, pp 9029–9045, 2016. DOI: 10.1128/JVI.00716-16
    11. Ariko Miyake, Shinya Watanabe, Takahiro Hiratsuka, Jumpei Ito, Minh Ha Ngo, Isaac Makundi, Junna Kawasaki, Yasuyuki Endo, Hajime Tsujimoto, Kazuo Nishigaki. Novel feline leukemia virus interference group based on the env gene. Journal of Virology, Volume 90, Issue 9, pp 4832-4837, 2016. DOI: 10.1128/JVI.03229-15
    12. Jumpei Ito, Takuya Baba, Junna Kawasaki, and Kazuo Nishigaki. Ancestral Mutations Acquired in Refrex-1, a Restriction Factor against Feline Retroviruses, during its Cooption and Domestication. Journal of Virology, Volume 90, Issue 3, pp 1470–1485, 2016. DOI: 10.1128/JVI.01904-15

    総説論文（国際誌）：計3報、うち2報は筆頭著者、全て査読あり

    1. Hitoshi Iuchi, Junna Kawasaki, Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga, Koki Hokao, Gentaro Yokoyama, Akiko Ichinose, Kanta Suga, Michiaki Hamada. Bioinformatics approaches for unveiling virus-host interactions. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023. DOI: 10.1016/j.csbj.2023.02.044

    • この総説論文では、マクロな相互作用としてウイルスの感染性予測を、ミクロな相互作用としてウイルスー宿主タンパク質相互作用を題材とし、それぞれを推定するアルゴリズムの詳細を解説しています。 

    2. Junna Kawasaki*, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie* (*: corresponding authors). Large-scale investigation of zoonotic viruses in the era of high-throughput sequencing. Microbiology and Immunology, Volume 67, Issue 1, pp1-13, 2022. DOI: 10.1111/1348-0421.13033

    • ウイルス感染症は突如として人間社会に出現してきたように思われますが、多くは動物に感染していたウイルスがヒトへと伝播することによって引き起こされてきました。そのため動物に潜むウイルスの多様性解明は、感染症対策の重要な一環を担っています。この総説論文では、公共データベースに蓄積されているハイスループットシークエンスデータの再利用により、ウイルス感染調査にかかるコストの削減を目指す試みについて解説しました。特に、(1)公共データの再利用に伴う課題、(2)ウイルスの配列情報と形質情報を結びつけるために必要な基盤技術の開発について議論しています。

    3. Junna Kawasaki, Kazuo Nishigaki. Tracking the Continuous Evolutionary Processes of an Endogenous Retrovirus of the Domestic Cat: ERV-DC. Viruses, Volume 10, Issue 4, 179, 2018. DOI: 10.3390/v10040179

    • 内在性レトロウイルスは「ゲノム寄生体」および「ゲノム進化のリソース配列」という異なる2つの側面を持っています。イエネコのゲノムには、現代において、この両側面を備えている内在性レトロウイルス（ERV-DC）が存在します。ERV-DCの中には、感染性ウイルス粒子を産生することができる遺伝子座もあれば、抗ウイルス因子として宿主生理機能の一端を担う遺伝子座もあります。この総説論文では、ERV-DCが「ウイルス」および「宿主の機能遺伝子」としてどのような進化過程を辿ってきたかを議論しています。

    総説論文（国内誌）：計1報（筆頭・責任著者、査読あり）

    1. 川崎純菜*、伊東潤平*「COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展」、JSBi Bioinformatics Review, 4(1), 10-25 (2023) . DOI: 10.11234/jsbibr.2023.primer2

    プレプリント

    1. Junna Kawasaki*, Tadaki Suzuki, Michiaki Hamada* (*: corresponding author) Hidden Challenges in Evaluating Spillover Risk of Zoonotic Viruses using Machine Learning Models. bioRxiv, 2024.

    学会誌・商業誌における解説・総説：計5報

    1. 川崎純菜*、小嶋将平*、小林（石原）美栄*「EVE-ology：EVE研究のこれまでとこれから」特集／ ヒトゲノムに残されたフロンティア 内在性ウイルス様配列 EVE（月刊実験医学、2023年9月号 Vol.41 No.14）（*企画者）
    2. 川崎純菜*、堀江真行*「古代ウイルス学：ウイルスと生物との攻防・共存の歴史を紐解く」特集／ ヒトゲノムに残されたフロンティア 内在性ウイルス様配列 EVE（月刊実験医学、2023年9月号 Vol.41 No.14）（*責任著者）
    3. 川崎純菜*、小嶋将平*、小林（石原）美栄*「EVE研究スタートアップ！」特集／ ヒトゲノムに残されたフロンティア 内在性ウイルス様配列 EVE（月刊実験医学、2023年9月号 Vol.41 No.14）（*責任著者）
    4. 川崎純菜*、堀江真行*「脊椎動物ゲノムに隠された1億年にわたるボルナウイルス感染の歴史」（週刊医学のあゆみ、281巻3号、2022年4月16日）（*責任著者）
    5. 川崎純菜*、堀江真行*「公共データベースから探索する未知のRNAウイルス」特集／みんなのバイオDX 公共データの海で宝探しをはじめよう（月刊実験医学、2021年12月号 Vol.39 No.19）（*責任著者）

    学位論文（博士：生命科学）

    1. 川崎純菜、「脊椎動物のゲノムに存在するボルナウイルスの分子化石を用いた古ウイルス学研究」、2022年3月23日、DOI: 10.14989/doctor.k24049

  • 発表

    学会発表

    国際学会：計3回（口頭発表 2回、ポスター発表 1回、うち1回は招待公演）

    国内学会：計25回（口頭発表 15回、ポスター発表 10回、うち8回は招待公演）

     

    MISC

    研究会・報告会等での発表

    アウトリーチ活動​

    国際学会（査読あり：3回、査読なし：0回）

    1. ○Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yahiro Mukai, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie. 100-My history of bornavirus infections hidden in vertebrate genomes. The 27th East Asia Joint Symposium, P-32, Virtual, Oct 28, 2021. (poster presentation, reviewed)
    2. ○Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yahiro Mukai, Dong-Yun Kim, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie. Comprehensive identification of endogenous bornavirus-like elements reshaped the long-term evolutionary history of bornaviruses. The 3rd Korea-Japan International Symposium for Transposable Elements. Busan, Korea, May 13, 2019. (Invited, oral presentation, reviewed)
    3. ○Junna Kawasaki, Maki Kawamura, Yoshiharu Ohsato, Jumpei Ito, Kazuo Nishigaki. Presence of a Shared 5'-Leader Sequence in Ancestral Human and Mammalian Retroviruses and Its Transduction into Feline Leukemia Virus. The 30th International Workshop on Retroviral Pathogenesis, Hyogo, Japan, Oct 12, 2018. (oral presentation, reviewed)

    国内学会：口頭発表（査読あり：15回、査読なし：0回）

    1. ○川崎純菜「公共データの再利用によるネクストパンデミック監視システムの構築に向けて」NGS EXPO 2023、大阪府、2023年11月15日（口頭発表、査読あり：招待講演）
    2. ○川崎純菜、浜田道昭.「ウイルス遺伝子配列情報からヒト感染リスクを評価する深層学習モデルの構築」第70回日本ウイルス学会学術集会、O3-2-14（P-262）、宮城県、2023年9月28日（口頭発表、査読あり）
    3. ○川崎純菜、伊東潤平「ウイルス感染症の制圧はなぜ難しいか？」2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会、『ワークショップ：バイオインフォマティクスの８の問題』、千葉県、2023年9月7日（口頭発表、査読あり：招待講演）
    4. ○川崎純菜「若手研究者が考えるキャリアパス：3つの研究室と1つの就職先を経験して」2023年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー、富山県、2023年6月24日（口頭発表、査読あり：招待講演）
    5. ○Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yahiro Mukai, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie. Paleovirology: digging “molecular fossil records of viruses” hidden in vertebrate genomes. 第45回日本分子生物学会年会、『ワークショップ：内在性ウイルスエレメント：ウイルスからの贈り物？』、2AW-14-1、千葉県、2022年12月1日（口頭発表、査読あり：招待講演）
    6. ○川崎純菜「オープンデータの利活用によるウイルス感染の大規模調査」山口大学微生物研究推進体 第13回研究成果発表会、オンライン、2021年12月25日（口頭発表、査読あり：招待講演）
    7. ○川崎純菜「ウイルスの多様性を探る：公共データの再利用によるRNAウイルス配列の大規模調査」日本微生物生態学会第34回大会、『自由集会：環境ウイルス研究の新たな潮流：環境ウイルス研究部会集会』、オンライン、2021年11月1日（口頭発表、査読あり：招待講演）
    8. ○川崎純菜「脊椎動物ゲノムに隠された1億年にわたるボルナウイルス感染の歴史」2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会、『企画セッション：数理・バイオインフォマティクスを活用したウイルス研究最前線』、オンライン、2021年9月28日（口頭発表、査読あり：招待講演）
    9. ○川崎純菜、小嶋将平、向井八尋、朝長啓造、堀江真行「脊椎動物ゲノムに隠された1億年にわたるボルナウイルス感染の歴史」第23回日本レトロウイルス研究会 夏期セミナー、口頭発表43、オンライン、2021年7月2日（口頭発表、査読あり）
    10. ○Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yahiro Mukai, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie. Comprehensive analysis of viral fossil records to infer the history of RNA viral infections on a geological timescale. 第43回日本分子生物学会年会、『ワークショップ：「ウイルス」の再考・再定義』、2PW-17-2、オンライン、2020年12月2日（口頭発表、査読あり：招待講演）
    11. ○川崎純菜、小嶋将平、向井八尋、朝長啓造、堀江真行「内在性ボルナウイルス様配列の網羅的解析：中生代から現代にわたるボルナウイルス感染履歴の追跡」第163回日本獣医学会学術集会、DVO-6、オンライン、2020年9月14日（口頭発表、査読あり：日本獣医学会・微生物学分科会若手奨励賞 受賞）
    12. ○川崎純菜、小嶋将平、向井八尋、朝長啓造、堀江真行「内在性ボルナウイルス様配列の網羅的同定：真核生物とボルナウイルスの共進化過程の追跡」第42回日本分子生物学会年会、『ワークショップ：ウイルス研究の新時代』、1AW-06-04（1P-0065）、福岡県、2019年12月3日（口頭発表、査読あり：ワークショップ発表演題として採択）
    13. ○Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yahiro Mukai, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie. Systematic analysis of endogenous bornavirus-like elements to track the long-term evolutionary history of bornaviruses. 第67回日本ウイルス学会学術集会、O2-5-07、東京都、2019年10月30日（口頭発表、査読あり）
    14. ○Junna Kawasaki, Maki Kawamura, Jumpei Ito and Kazuo Nishigaki. Presence of a Shared 5'-Leader Sequence in Ancestral Human and Mammalian Retroviruses and its Transduction into Feline Leukemia Virus. 第65回日本ウイルス学会学術集会、W2-2-10、大阪府、2017年10月25日（口頭発表、査読あり）
    15. ○川崎純菜、河村麻紀、伊東潤平、西垣一男「多様なホ乳類内在性レトロウイルスの5'非翻訳領域に共有された特徴的配列の発見と、その配列の猫白血病ウイルスへのトランスダクション」、第160回日本獣医学会学術集会、DVO-17、鹿児島県、2017年9月13日（口頭発表、査読あり）

    国内学会：ポスター発表（査読あり：9回、査読なし：1回）

    1. ○川崎純菜、浜田道昭.「ウイルス遺伝子配列情報からヒト感染リスクを評価する深層学習モデルの構築」第70回日本ウイルス学会学術集会、P-262（O3-2-14）、宮城県、2023年9月28日（口頭発表、査読あり）
    2. ○川崎純菜、浜田道昭.「Assessment of viral infectivity to humans using nucleotide language models」2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会、千葉県、2023年9月7日（ポスター発表、査読あり）
    3. ○川崎純菜、浜田道昭.「ウイルス遺伝子配列からヒト感染リスクを評価する深層学習モデルの構築」2023年度生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー、富山県、2023年6月24日（ポスター発表、査読あり、ポスター賞（異分野プレゼン部門）受賞）
    4. ○川崎純菜、小嶋将平、朝長啓造、堀江真行. 「公共データの再利用によるRNAウイルス配列の大規模調査」2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会、P-84、大阪府、2022年9月14日（ポスター発表、査読あり：優秀ポスター賞 受賞）
    5. ○川崎純菜、小嶋将平、朝長啓造、堀江真行. 「哺乳類・鳥類の公的シークエンスデータを用いたRNAウイルス配列の網羅的探索」第68回日本ウイルス学会学術集会、P8-3、ハイブリッド開催（オンライン・兵庫県）、2021年11月16日（ポスター発表、査読あり）
    6. ○川崎純菜「過去のウイルス感染を追う」『生命情報若手の会 第13回研究会「生命情報科学×ウイルス学 若手交流会」』、オンライン、2021年10月22日-24日（ポスター発表、査読なし、Best Activator Award および Best Helper Award 受賞）
    7. ○川崎純菜、小嶋将平、向井八尋、朝長啓造、堀江真行「内在性ボルナウイルス様配列の網羅的同定：真核生物とボルナウイルスの共進化過程の追跡」第42回日本分子生物学会年会、1P-0065（1AW-06-04）、福岡県、2019年12月3日（ポスター発表、査読あり）
    8. ○川崎純菜、小嶋将平、向井八尋、朝長啓造、堀江真行「内在性ボルナウイルス様配列の網羅的同定：真核生物とボルナウイルスの共進化過程の追跡」第3回木村資生記念 進化学セミナー、静岡県、2019年8月3日（ポスター発表、査読あり：ポスター賞 受賞）
    9. ○Junna Kawasaki, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie. Systematic transcriptome analyses of non-retroviral endogenous viral elements in primates and muroid animals. 第66回日本ウイルス学会学術集会、P1-DM-02、京都府、2018年10月28日（ポスター発表、査読あり）
    10. ○川崎純菜、河村麻紀、西垣一男「多様な哺乳類内在性レトロウイルスの 5’-非翻訳領域に存在する類似配列の同定」、第1回内在性ウイルス様エレメント研究会、京都府、2016年12月16日（ポスター発表、査読あり）

    研究会・報告会等での発表

    1. ○川崎純菜「若手研究者が考えるキャリアパス：4つの研究室と1つの就職先を経験して」生命情報科学若手の会 第13会セミナー、オンライン、2024年5月20日（口頭発表：招待講演）
    2. ○川崎純菜「誰でも使えるデータの解析で動物由来ウイルスを監視する」、第13期アーリーバード成果報告会、2023年3月8日、オンライン（口頭発表）
    3. ○川崎純菜「動物由来ウイルス感染症の発生リスクを評価する技術基盤の構築」、JSTさきがけ「パンデミック社会領域」領域班会議、2024年2月23日、宮城県（口頭発表）
    4. ○川崎純菜「バイオインフォマティクスを駆使し、動物由来ウイルス感染症を監視する」、大阪公立大学 サイエンスカフェ、2023年11月17日、大阪府（口頭発表）
    5. ○川崎純菜「公共データの再利用によるネクストパンデミック監視システムの構築に向けて」、国立感染症研究所 セミナー、2023年10月13日、東京都（口頭発表）
    6. ○川崎純菜「ウイルスの感染性を評価する機械学習モデル 〜遺伝子配列を「文字列」として解析する〜」、第12期アーリーバード成果報告会、2023年3月7日、オンライン（口頭発表）
    7. ○川崎純菜「古代から現代にわたるRNAウイルスの多様性」、遺伝学若手の会 第二回研究交流会、2022年11月29日、千葉県（フラッシュトーク）
    8. ○川崎純菜「深層学習によるウイルス配列解析」、第1回ウイルス・情報科学若手研究交流会、2022年8月31日、東京都（口頭発表）
    9. ○川崎純菜「内在性ボルナウイルス様配列の網羅的同定」、第7回ネオウイルス学領域班会議、2019年11月6日-8日、兵庫県（フラッシュトーク、ポスター発表）

    アウトリーチ活動

    1. 川崎純菜、西村瑠佳「ウイルスの進化は予測可能か？～データ駆動アプローチによる挑戦～」、第46回日本分子生物学会年会 フォーラムでのファシリテーター、2023年12月7日、兵庫県

    • 伊東潤平先生（東京大学）、今野直樹さん（東京大学）らによって企画された本フォーラムにて、COVID-19パンデミック下において蓄積されてきたビッグデータの活用によるウイルス進化予測の実現可能性についての総合討論に参加させていただきました。
    • 本フォーラムでの議論内容の一部は、JSBi Bioinformatics Review「COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展」においても紹介しています。

    2. 小林（石原）美栄、川崎純菜「内在性ウイルスエレメント：その叡智をここに集約せよ！」、第46回日本分子生物学会年会 シンポジウム企画、2023年12月6日、兵庫県

    • 本シンポジウムでは、8名の先生方から内在性ウイルスエレメント（EVE）についての最新の知見をご発表いただき、月間実験医学 2023年9月号での特集で取り上げたトピック以外にも、幅広い生命現象にEVEが関わっていることをご紹介いただきました。

    3. 川崎純菜*、小嶋将平*、小林（石原）美栄*「特集／ ヒトゲノムに残されたフロンティア 内在性ウイルス様配列 EVE」（月刊実験医学、2023年9月号 Vol.41 No.14）（*企画者）

    • 過去に感染したウイルスの痕跡である「内在性ウイルス様配列（EVE）」は、例えばヒトゲノムの約9%を占めており、生物ゲノムに広く存在しています。ウイルスといえば「敵」としての印象が強い一方で、実は私たちの「味方」として生命現象の一端を担ってきたことが知られています。本特集では、こうしたEVEの多面性を分野横断的に概説し、今後のEVE-ologyについての展望をまとめました。
    • なお本企画は2019年から活動しているEVE study clubをきっかけに実現することができました。本会を支えてくださった堀江真行教授（大阪公立大学）とNicholas F. Parrish教授（理化学研究所）に感謝申し上げます。

    4. 川崎純菜「生物ゲノムからウイルスの分子化石を発掘する」、YouTubeチャネル「ゆるふわ生物学」、オンライン、2022年7月30日

    • 動画にはこちらからアクセスしてください。
    • 西村瑠佳さん（総合研究大学院大学：発表当時の所属）と「古代ウイルス研究」について3時間の発表を行いました。
    • 約270人の方にリアルタイムでご視聴いただき、1500件以上もの貴重なコメントをいただくことができました。

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