1. Minh Ha Ngo*, Loai AbuEed*, Junna Kawasaki*, Naoki Oishi, Didik Pramono, Tohru Kimura, Masashi Sakurai, Kenji Watanabe, Yoichi Mizukami, Haruyo Ochi, Yukari Anai, Yuka Odahara, Daigo Umehara, Maki Kawamura, Shinya Watanabe, Ariko Miyake*, Kazuo Nishigaki (*: equally contributed). Multiple recombination events between endogenous retroviral elements and feline leukemia virus.  Journal of Virology, Volume, Issue, e0140023, 2024. DOI: 10.1128/jvi.01400-23

• 猫白血病ウイルス（FeLV）は白血病やリンパ腫のような造血器腫瘍を引き起こすウイルスであり、これまでの調査によって日本の家猫の12%ほどが感染していることが報告されています。また、FeLVの多様化が病態の悪化に関わることが知られているため、本研究では腫瘍と診断された家猫においてFeLVの多様性を調査した。その結果、FeLVの著しい多様化が、過去に感染したウイルスの痕跡である内在性レトロウイルスとの組換え現象によって生じていることを明らかにしました。

2. Junna Kawasaki*, Shohei Kojima, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie* (*: corresponding authors). Hidden viral sequences in public sequencing data and warning for future emerging diseases. mBio, Volume 12, Issue 4, e01638-21, 2021, DOI: 10.1128/mBio.01638-2

• ウイルス感染症は公衆衛生上の脅威となるだけでなく、社会・経済活動に大きな打撃を与えてきました。多様な検体を用いたウイルス調査は感染症対策の重要な一環と考えられてきましたが、大規模な調査には多大な労力と費用を要します。そこで本研究では、公共データベースに登録されていた46,000を超えるRNA-seqデータを再利用し、哺乳類および鳥類におけるRNAウイルスの感染状況を調査しました。その過程で、家畜や野生動物・実験動物においてヒトに病気を引き起こす可能性のあるRNAウイルスを新たに発見しました。本成果は、公的データの再利用により既知および未知ウイルスの感染調査が可能であることを示しました。（詳細な内容は、京都大学 ウイルス・再生医科学研究所 （現・医生物学研究所） 研究成果でご紹介いただきました。）

3. Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yahiro Mukai, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie. 100-My history of bornavirus infections hidden in vertebrate genomes. Proceedings of the National Academy of Sciences, Volume 118, Issue 20, e2026235118, 2021, DOI: 10.1073/pnas.2026235118

• 長い進化の過程において、私たちの祖先はくり返しウイルス感染症に脅かされてきたと予想できます。しかし、先史時代に発生したウイルス感染については謎に包まれたままとなっています。この理由には、ウイルスは物理的化石を残すことがないため、過去のウイルスを知るための手がかりを得ることが困難であることがあげられます。私たちのゲノムには過去に感染したウイルスに由来する遺伝子配列（内在性ウイルス様エレメント：EVEs）が存在します。本研究では、生物のゲノムに存在するEVEsを「ウイルスの分子化石」として解析することで、約1億年間にわたるウイルス感染の歴史を再構築しました。（詳細な内容は、京都大学 ウイルス・再生医科学研究所 （現・医生物学研究所）研究成果としてご紹介いただきました。）

• 本研究の成果については、以下の学術誌やメディアでもご紹介いただきました。

1. Hofer U. Bornaviruses from the Cretaceous. Nature Reviews Microbiology, Volume 19, Issue 8, 481, 2021. DOI: 10.1038/s41579-021-00590-z
2. Gifford RJ. Mapping the evolution of bornaviruses across geological timescales. Proceedings of the National Academy of Sciences, Volume 118, Issue 26, e2108123118, 2021. DOI:10.1073/pnas.2108123118
3. ウイルス学の世界的権威らが運営するポッドキャスト「This Week in Virology」での解説：TWiV 771: Borna hundred million years ago. Hosts: Dr. Vincent Racaniello, Dr. Alan Dove, and Dr. Amy Rosenfeld
4. 河岡義裕（編）『ネオウイルス学』集英社（集英社新書）、2021年、ISBN: 9784087211597
5. 堀江真行「一億年にわたるボルナウイルス感染の歴史（One hundred million years history of bornavirus infection）」、学会誌ウイルス、72巻、1号、p47-54、2022年.

4. Ariko Miyake*, Junna Kawasaki*, Ha Ngo, Isaac Makundi, Yutaro Muto, Arshad H Khan, Desmond J Smith, Kazuo Nishigaki (*: equally contributed). Reduced folate carrier: an entry receptor for a novel feline leukemia virus variant. Journal of Virology, Volume 93, Issue 13, e00269-19, 2019. DOI: 10.1128/JVI.00269-19 

• ネコ白血病ウイルス（FeLV）は、宿主細胞への侵入に関わるエンベロープ遺伝子を多様化させることで感染組織、ひいては病態を変化させることが知られています。今回は、FeLVの大規模な疫学調査において同定された新たな変異体（FeLV-E）が感染に使用する受容体の同定に成功しました。本成果は、FeLVの多様化と、その結果もたらされる感染や病態の変化のさらなる理解につながると期待できます。

5. Junna Kawasaki, Maki Kawamura, Yoshiharu Ohsato, Jumpei Ito and Kazuo Nishigaki. Presence of a Shared 5'-Leader Sequence in Ancestral Human and Mammalian Retroviruses and Its Transduction into Feline Leukemia Virus. Journal of Virology, Volume 91, Issue 20, e00829-17, 2017. DOI: 10.1128/JVI.00829-17

• レトロウイルスは、組換え現象を介してがん遺伝子等をハイジャックし、病態を増悪させることがあります。本研究では、ネコ白血病ウイルス（FeLV）の大規模な疫学調査により、ネコゲノムに存在する古代のレトロウイルスの痕跡（内在性レトロウイルス）との組換えFeLVを新たに同定しました。興味深いことに、FeLVがハイジャックしていた遺伝子配列は、さまざまな内在性レトロウイルスにおいて高度に保存されていることが明らかとなりました。本成果は、組換え現象によるFeLVの多様化を明らかにしただけでなく、古代と現代のレトロウイルスが共通の配列・分子メカニズムを活用している可能性を示しました。

1. Didik Pramono, Dai Takeuchi, Masato Katsuki, Loai AbuEed, Dimas Abdillah, Tohru Kimura, Junna Kawasaki, Ariko Miyake, Kazuo Nishigaki. FeLIX is a restriction factor for mammalian retrovirus infection. Journal of Virology, 0:e01771-23. 2024. DOI: 10.1128/jvi.01771-23, （和文解説）
2. AbuEed, Loai, Isaac Makundi, Ariko Miyake, Junna Kawasaki, Chisa Minoura, Yushi Koshida, Kazuo Nishigaki. Feline Foamy Virus Transmission in Tsushima Leopard Cats (Prionailurus bengalensis euptilurus) on Tsushima Island, Japan. Viruses, Volume 15, Issue 4, 835. 2023. DOI: 10.3390/v15040835, （和文解説）
3. Nicolas Tarbouriech, Florian Chenavier, Junna Kawasaki, Kamel Bachiri, Jean-Marie Bourhis, Pierre Legrand, Lily Freslon, Estelle MN Laurent, Elsa Suberbielle, Rob WH Ruigrok, Keizo Tomonaga, Daniel Gonzalez-Dunia, Masayuki Horie, Etienne Coyaud, Thibaut Crépin. Borna Disease Virus 1 Phosphoprotein forms a Tetramer and Interacts with Host Factors Involved in DNA Double-Strand Break Repair and mRNA Processing. Viruses, Volume 14, Issue 11, 2358, 2022, DOI: 10.3390/v14112358
4. Squalomix consortium. Squalomix: shark and ray genome analysis consortium and its data sharing platform. F1000Research 2022, Volume 11, 1077, 2022. DOI: 10.12688/f1000research.123591.1
5. Ariko Miyake*, Minh Ha Ngo*, Shelly Wulandari, Masayuki Shimojima, So Nakagawa, Junna Kawasaki, Kazuo Nishigaki (*: equally contributed). Convergent evolution of antiviral machinery derived from endogenous retrovirus truncated envelope genes in multiple species. Proceedings of the National Academy of Sciences, Volume 119, Issue 26, e2114441119, 2022, DOI:10.1073/pnas.211444111, （和文解説）　
6. Yahiro Mukai, Masayuki Horie, Shohei Kojima, Junna Kawasaki, Ken Maeda, Keizo Tomonaga. An endogenous bornavirus‐like nucleoprotein in miniopterid bats retains the RNA‐binding properties of the original viral protein. FEBS Letters, Volume 596, Issue 3, 323-337, 2022, DOI: 10.1002/1873-3468.14290
7. Masashi Iwamoto, Yukino Shibata, Junna Kawasaki, Shohei Kojima, Yung-Tsung Li, Shingo Iwami, Masamichi Muramatsu, Hui-Lin Wu, Kazuhiro Wada, Keizo Tomonaga, Koichi Watashi, Masayuki Horie. Identification of novel avian and mammalian deltaviruses provides new insights into deltavirus evolution. Virus Evolution, Volume 7, Issue 1, veab003, 2021, DOI: 10.1093/ve/veab003, （和文解説）
8. Minh Ha Ngo, Takehisa Soma, Hwa-Young Youn, Taiji Endo, Isaac Makundi, Junna Kawasaki, Ariko Miyake, Bui Thi To Nga, Huyen Nguyen, MaríaCruz Arnal, Daniel Fernández de Luco, RMC Deshapriya, Shingo Hatoya, Kazuo Nishigaki. Distribution of infectious endogenous retroviruses in mixed-breed and purebred cats. Archives of Virology, Volume 165, pp157-167, 2020. DOI: 10.1007/s00705-019-04454-z
9. Minh Ha Ngo, MaríaCruz Arnal, Ryosuke Sumi, Junna Kawasaki, Ariko Miyake, Chris K Grant, Takeshige Otoi, Daniel Fernández de Luco, Kazuo Nishigaki. Tracking the fate of endogenous retrovirus segregation in wild and domestic cats. Journal of Virology, Volume 93, Issue 24, e01324-19, 2019. DOI: 10.1128/JVI.01324-19
10. Kyohei Kuse, Jumpei Ito, Ariko Miyake, Junna Kawasaki, Shinya Watanabe, Isaac Makundi, Minh Ha Ngo, Takeshige Otoi, and Kazuo Nishigaki. Existence of Two Distinct Infectious Endogenous Retroviruses in Domestic Cats and Their Different Strategies for Adaptation to Transcriptional Regulation. Journal of Virology, Volume 90, Issue 20, pp 9029–9045, 2016. DOI: 10.1128/JVI.00716-16
11. Ariko Miyake, Shinya Watanabe, Takahiro Hiratsuka, Jumpei Ito, Minh Ha Ngo, Isaac Makundi, Junna Kawasaki, Yasuyuki Endo, Hajime Tsujimoto, Kazuo Nishigaki. Novel feline leukemia virus interference group based on the env gene. Journal of Virology, Volume 90, Issue 9, pp 4832-4837, 2016. DOI: 10.1128/JVI.03229-15
12. Jumpei Ito, Takuya Baba, Junna Kawasaki, and Kazuo Nishigaki. Ancestral Mutations Acquired in Refrex-1, a Restriction Factor against Feline Retroviruses, during its Cooption and Domestication. Journal of Virology, Volume 90, Issue 3, pp 1470–1485, 2016. DOI: 10.1128/JVI.01904-15

1. Hitoshi Iuchi, Junna Kawasaki, Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga, Koki Hokao, Gentaro Yokoyama, Akiko Ichinose, Kanta Suga, Michiaki Hamada. Bioinformatics approaches for unveiling virus-host interactions. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023. DOI: 10.1016/j.csbj.2023.02.044

• この総説論文では、マクロな相互作用としてウイルスの感染性予測を、ミクロな相互作用としてウイルスー宿主タンパク質相互作用を題材とし、それぞれを推定するアルゴリズムの詳細を解説しています。 

2. Junna Kawasaki*, Keizo Tomonaga, Masayuki Horie* (*: corresponding authors). Large-scale investigation of zoonotic viruses in the era of high-throughput sequencing. Microbiology and Immunology, Volume 67, Issue 1, pp1-13, 2022. DOI: 10.1111/1348-0421.13033

• ウイルス感染症は突如として人間社会に出現してきたように思われますが、多くは動物に感染していたウイルスがヒトへと伝播することによって引き起こされてきました。そのため動物に潜むウイルスの多様性解明は、感染症対策の重要な一環を担っています。この総説論文では、公共データベースに蓄積されているハイスループットシークエンスデータの再利用により、ウイルス感染調査にかかるコストの削減を目指す試みについて解説しました。特に、(1)公共データの再利用に伴う課題、(2)ウイルスの配列情報と形質情報を結びつけるために必要な基盤技術の開発について議論しています。

3. Junna Kawasaki, Kazuo Nishigaki. Tracking the Continuous Evolutionary Processes of an Endogenous Retrovirus of the Domestic Cat: ERV-DC. Viruses, Volume 10, Issue 4, 179, 2018. DOI: 10.3390/v10040179

• 内在性レトロウイルスは「ゲノム寄生体」および「ゲノム進化のリソース配列」という異なる2つの側面を持っています。イエネコのゲノムには、現代において、この両側面を備えている内在性レトロウイルス（ERV-DC）が存在します。ERV-DCの中には、感染性ウイルス粒子を産生することができる遺伝子座もあれば、抗ウイルス因子として宿主生理機能の一端を担う遺伝子座もあります。この総説論文では、ERV-DCが「ウイルス」および「宿主の機能遺伝子」としてどのような進化過程を辿ってきたかを議論しています。

1. 川崎純菜*、伊東潤平*「COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展」、JSBi Bioinformatics Review, 4(1), 10-25 (2023) . DOI: 10.11234/jsbibr.2023.primer2

1. Junna Kawasaki*, Tadaki Suzuki, Michiaki Hamada* (*: corresponding author) Hidden Challenges in Evaluating Spillover Risk of Zoonotic Viruses using Machine Learning Models. bioRxiv, 2024.

1. 川崎純菜*、小嶋将平*、小林（石原）美栄*「EVE-ology：EVE研究のこれまでとこれから」特集／ ヒトゲノムに残されたフロンティア 内在性ウイルス様配列 EVE（月刊実験医学、2023年9月号 Vol.41 No.14）（*企画者）
2. 川崎純菜*、堀江真行*「古代ウイルス学：ウイルスと生物との攻防・共存の歴史を紐解く」特集／ ヒトゲノムに残されたフロンティア 内在性ウイルス様配列 EVE（月刊実験医学、2023年9月号 Vol.41 No.14）（*責任著者）
3. 川崎純菜*、小嶋将平*、小林（石原）美栄*「EVE研究スタートアップ！」特集／ ヒトゲノムに残されたフロンティア 内在性ウイルス様配列 EVE（月刊実験医学、2023年9月号 Vol.41 No.14）（*責任著者）
4. 川崎純菜*、堀江真行*「脊椎動物ゲノムに隠された1億年にわたるボルナウイルス感染の歴史」（週刊医学のあゆみ、281巻3号、2022年4月16日）（*責任著者）
5. 川崎純菜*、堀江真行*「公共データベースから探索する未知のRNAウイルス」特集／みんなのバイオDX 公共データの海で宝探しをはじめよう（月刊実験医学、2021年12月号 Vol.39 No.19）（*責任著者）

1. 川崎純菜、「脊椎動物のゲノムに存在するボルナウイルスの分子化石を用いた古ウイルス学研究」、2022年3月23日、DOI: 10.14989/doctor.k24049